Aby uniknąć tłumów turystów, którzy każdego dnia zbiegają się do Muzeów Watykańskich, zaleca się wizytę po godzinie 14:00. Poranki są zazwyczaj bardziej zatłoczone, ponieważ wielu turystów stara się być pierwszymi w kolejce. Dodatkowo, dobrym pomysłem jest sprawdzenie kalendarza audiencji papieskich, ponieważ przyciągają one tłumy z dala od muzeów.
Muzea odwiedza mniej turystów poza sezonem, który trwa od listopada do lutego. W tych miesiącach można doświadczyć mniej zatłoczonych warunków. Z kolei miesiące szczytowe, takie jak od kwietnia do października, często oznaczają więcej odwiedzających i dłuższe kolejki.
Muzea Watykańskie i powiązane z nimi miejsca są gospodarzami różnych wydarzeń przez cały rok, które mogą wpływać na wielkość tłumu i dostępność. Przed zaplanowaniem wizyty warto sprawdzić oficjalny kalendarz Muzeów Watykańskich pod kątem wszelkich specjalnych wydarzeń lub zamknięć. Specjalne wystawy lub dni święte mogą znacznie zmienić typowe wzorce ruchu odwiedzających.
Najlepsze miesiące na zwiedzanie Muzeów Watykańskich to okres poza sezonem turystycznym, który obejmuje miesiące od listopada do lutego. W tych miesiącach tłumy są na ogół mniejsze, oferując bardziej intymne wrażenia.
Dni powszednie są zwykle mniej zatłoczone niż weekendy, a dni audiencji papieskich są idealnym dniem na wizytę - najczęściej odbywają się one w środy - ponieważ tłumy są odwrócone od muzeów.
Dla tych, którzy wolą rozpocząć dzień wcześnie, przybycie do kolejki o 7:30 rano może być korzystne, ponieważ jest to przed przybyciem większości turystów. Muzea Watykańskie są zwykle spokojniejsze po południu, zwłaszcza po godzinie 14:00, ponieważ wielu odwiedzających stara się przybyć wcześniej.
Kaplica Sykstyńska jest najbardziej zatłoczona w południe. Aby uniknąć godzin szczytu i cieszyć się spokojniejszą wizytą, należy wybrać się tam wcześnie rano lub późnym popołudniem po godzinie 16:00.
Aby zapewnić sobie wstęp, zwłaszcza w szczycie sezonu turystycznego, zaleca się zakup biletów do Muzeów Watykańskich z co najmniej dwutygodniowym wyprzedzeniem.