A Vatikáni Múzeumokba naponta betóduló turisták tömegei elől érdemes délután 2 óra után látogatni. A reggeli órákban jellemzően nagyobb a forgalom, mivel sok turista igyekszik elsőként beállni a sorba. Ezenkívül érdemes ellenőrizni a pápai audiencia naptárát, mivel az a múzeumoktól távolabbra vonzza a tömeget.
A múzeumok a novembertől februárig tartó főszezonban kevesebb látogatót fogadnak. Ezekben a hónapokban kevésbé zsúfolt körülményeket tapasztalhatunk. Ezzel szemben a csúcshónapok, például az áprilistól októberig tartó időszak gyakran több látogatót és hosszabb sorokat jelent.
A Vatikáni Múzeumokban és a kapcsolódó helyszíneken az év folyamán számos rendezvényt tartanak, amelyek befolyásolhatják a tömeg nagyságát és a látogathatóságot. A látogatás megtervezése előtt érdemes ellenőrizni a Vatikáni Múzeumok hivatalos naptárát a különleges eseményekről vagy zárva tartásokról. A különleges kiállítások vagy a szent napok jelentősen megváltoztathatják a látogatók jellemző forgalmi szokásait.
A Vatikáni Múzeumok látogatására a legjobb hónapok az idegenforgalmi szezonban vannak, ami a novembertől februárig tartó hónapokat foglalja magában. Ezekben a hónapokban általában kisebb a tömeg, és így sokkal meghittebb élményt nyújtanak.
A hétköznapok jellemzően kevésbé zsúfoltak, mint a hétvégék, és a pápai audiencia napjai ideálisak a látogatásra - többnyire szerdán -, mivel a tömegek elvonulnak a múzeumoktól.
Azok számára, akik inkább korán kezdik a napot, előnyös lehet, ha már reggel fél nyolckor beállnak a sorba, mivel ekkor még a turisták többsége sem érkezik meg. A vatikáni múzeumok délután általában csendesebbek, különösen délután 2 óra után, mivel sok látogató igyekszik korán érkezni.
A Sixtus-kápolna délben a legforgalmasabb. A csúcsidőszak elkerülése és a csendesebb látogatás érdekében a kora reggeli órákban vagy délután 4 óra után, a késő délutáni órákban érdemes meglátogatni a kápolnát.
A belépés biztosítása érdekében - különösen a főszezonban - ajánlott legalább két héttel korábban megvásárolni a Vatikáni Múzeumba szóló jegyeket.